在《名侦探柯南》中，柯南原本的身份是高中生侦探工藤新一，在一次偶然事件中目睹了黑衣组织的交易过程，结果被组织成员灌下毒药，虽然没有死，但是人却变小了，他也因此化名江户川柯南，寄住在青梅竹马的女朋友毛利兰家里，他还利用自己的推理能力，帮小五郎赢得了一个“沉睡的小五郎”的名号，但是他真实的身份却没有被小兰和毛利小五郎知晓，但其实，在剧情中已经有不少人知道了柯南的真实身份了，今天小编就给大家盘点盘点。
1.灰原哀
作为前黑衣组织的成员，灰原哀原本是组织里的科学家，让柯南变小的毒药就是她研制的，不过她后来因为姐姐的缘故背叛了组织，在被组织囚禁的时候她吞下偷藏的APTX4869自尽，却幸运地缩小，结果也和柯南一样变小了。其实早在她还没背叛组织的时候，她就猜测工藤新一没死，只是恢复到幼年了，在她逃出组织之后便来寻找相同身份的工藤新一，并寄住在阿笠博士家。
2.阿笠博士
阿笠博士是柯南父母的好友，同时也是一位发明家，他也是柯南最信任和最得力的助手，柯南身上的很多装备都是阿笠博士发明的。他是最早知道柯南真实身份的人，在柯南变小之后，第一个找的人就是阿笠博士。之前曾经有不少谣言传阿笠博士是黑衣组织的BOSS，但是后面证实这条消息是假的。
3.柯南父母
柯南的父母工藤优作和工藤有希子居住在美国洛杉矶，偶尔回日本。与邻居阿笠博士、警视厅目暮十三警部是好友，去美国后，拜托阿笠博士管理以前的案件资料并照顾新一，后来在阿笠博士那里得知新一变小的事情。在最近的剧情中，柯南父亲工藤优作通过与赤井秀一的交淡，推理出了黑衣组织的首领为乌丸莲耶。
4.服部平次
服部平次也是一名高中生名侦探，和工藤新一并称“关东的工藤，关西的服部”。他在调查一起案件时发现了江户川柯南的真实身份就是工藤新一，是《名侦探柯南》中第一个主动发现柯南身份的人。之后成为江户川柯南(工藤新一)的好友，两人经常联手办案。
5.怪盗基德
工藤新一曾在《魔术快斗》客串登场，与怪盗基德有过交手，但当时两人都互不知道对方身份。之后新一变成柯南后也与基德有多次正面交手，大多为不分胜负或以解决第三方犯罪为结局，也有相互合作的情况出现，两人亦敌亦友。基德在剧场版《世纪末的魔术师》中还得知了柯南的真实身份(漫画原作中没有表示得知身份)。
6.本堂瑛佑
本堂瑛佑是本堂瑛海(化名水无怜奈)的弟弟。父亲、姐姐均为CIA的情报人员。一直努力寻找失踪的姐姐，后得知姐姐与水无怜奈为同一人。在剧情中本堂瑛佑要跟小兰表白，柯南威胁他说不行，然后这他竟然就说早都猜到了果然如此，想必他早就对柯南的身份有了怀疑，不过之后他再没出场过，说不定作者已经忘了这个人物。
7.贝尔摩德
贝尔摩德是黑衣组织重要成员，真实身份是美国女明星莎朗·温亚德，因某种原因恢复年轻或停止衰老，在组织中负责收集重要的情报。她在调查之中发现了柯南和灰原哀的真实身份，但是由于某种原因并未上报组织，认为柯南是可以摧毁组织的“银色子弹”。
8.赤井秀一
赤井秀一是一位充满神秘感的FBI搜查官，曾卧底加入黑衣组织，被组织内部称为“银色子弹”，曾为了帮助卧底进入组织的水无怜奈重新进入组织并骗取琴酒的信任，假装被枪击身亡。之后以冲矢昴的身份出现，暗中保护灰原哀，期间知晓了柯南的真实身份。
9.宫野明美
宫野明美是灰原哀(宫野志保)的姐姐，曾经也是黑衣组织的成员。为了和妹妹一起脱离黑衣组织，化名为广田雅美，完成了组织交给的抢劫十亿日元的任务，后被琴酒枪杀，临死前柯南对其告知了自己的真实身份。她也是赤井秀一的前女友。
10.爱尔兰
爱尔兰也是黑衣组织的成员，但和另一位成员琴酒是死对头，因为琴酒杀死了爱尔兰如父亲般尊敬的皮斯克。在剧场版《漆黑的追踪者》中，他通过比对柯南和工藤新一的指纹，发现了柯南的真实身份，不过他并没有上报组织，因为他想直接把柯南带到组织BOSS面前，好指责琴酒的失职，让冷血无情的琴酒垮台。不过最后被柯南感化，为了保护柯南而死。
11.泽田弘树
泽田弘树是剧场版《贝克街的亡灵》中登场的人物。他年仅10岁，是麻省理工学院研究生，生前开发过一种生长一年等于人类五年的自我成长人工智能“诺亚方舟”。他通过“诺亚方舟”分析了柯南的DNA再与数据比较，知道了柯南的父亲是工藤优作，那么柯南自然就是工藤新一了。
12.鲁邦三世一伙人
在特别篇《名侦探柯南VS鲁邦三世》中，两人曾有过合作，在合作过程中，智商300的鲁邦三世通过自己的直觉和推理也发现了柯南的真实身份，不过他和柯南属于不同作品中的角色，他知不知道柯南的真实身份对《名侦探柯南》的剧情都没有影响。
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